工程合同中违约金比例的确定是：以违约所造成的损失为基础，不能过高或过低。约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少；约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。